В соответствии с указом Губернатора Ивановской области от 12.01.2006 г. № 1-уг была образована новая система исполнительных органов государственной власти Ивановской области. В связи с этим Управление капитального строительства Ивановской области в 2006 году было переименовано в Департамент строительства и архитектуры Ивановской области.

В первый год работы органа государственной власти в новом статусе Департамент продолжал выполнять функции заказчика-застройщика по строительству объектов капитального строительства на территории Ивановской области.

С 2007 года Департамент выполняет исключительные функции органа государственной власти. Кроме выполняемых ранее функций Департаменту были переданы функции и полномочия управления в сфере архитектуры и градостроительства, выполняемые ранее главным управлением архитектуры и градостроительства Ивановской области.

Новыми полномочиями Департамента стали:

- контроль и надзор в области долевого строительства многоквартирных домов и (или) иных объектов недвижимости на территории Ивановской области;

- контроль за соблюдением органами местного самоуправления законодательства о градостроительной деятельности;

- организация подготовки и утверждения схемы территориального планирования Ивановской области, реализация и контроль за ее реализацией (была утверждена в 2009 году);

- организация согласования проектов документов территориального планирования Российской Федерации, субъектов РФ, муниципальных образований;

- реализация ряда подпрограмм Областной целевой программы «Жилище» на 2002-2010 годы».

Кроме того, Департамент стал формировать областную адресную инвестиционную программу и открывать финансирование по ее объектам (строительство и реконструкция объектов областной собственности), а с 2009 года разработал и стал администратором долгосрочной целевой программы по выравниванию  обеспеченности населения Ивановской области объектами социальной и инженерной инфраструктуры на 2009-2011 годы (проектирование, строительство и реконструкция объектов муниципальной собственности). Это позволило осуществлять контроль за расходованием средств областного бюджета.

За период с 2006 г. по настоящее время Департамент возглавляли:

- с февраля 2006 г. по октябрь 2006 г. – Савочкин Игорь Владимирович;

- с октября 2006 г. по февраль 2008 г. – Догадин Алексей Олегович;

- с апреля 2008 г. по февраль 2009 г. – Чужбинкин Андрей Николаевич;

- с ноября 2009 г. – Попов Андрей Владимирович.